Secara kelembagaan, PPKwu berada dalam garis koordinasi yang berjenjang. Rektor Universitas Sebelas Maret berada pada posisi tertinggi, membawahi Ketua LPPM UNS. Kepala PPKwu berada di bawah Ketua LPPM dan bertanggung jawab atas penyelenggaraan seluruh kegiatan pusat.
Dalam menjalankan tugasnya, Kepala PPKwu didukung oleh staf administrasi serta kelompok ahli (peer group). Kegiatan operasional pusat dijalankan melalui tiga unit, yaitu Unit Diklat dan Pengembangan Kewirausahaan, Unit Penciptaan Wirausaha Baru, serta Unit Riset dan Pengembangan Kewirausahaan. Masing-masing unit dipimpin oleh seorang ketua. Susunan tersebut dapat diringkas sebagai berikut:
- Rektor UNS → Ketua LPPM UNS → Kepala PPKwu.
- Kepala PPKwu didukung oleh Staf Administrasi dan Peer Group.
- Tiga unit pelaksana: Unit Diklat & Pengembangan Kewirausahaan; Unit Penciptaan Wirausaha Baru; dan Unit Riset & Pengembangan Kewirausahaan.